Tole ne bo šlo. Oziroma vsaj ne enostavno.
Opciji sta dve, tako kot je rekel wssrpnc, preusmeri posazemne artikle, ostale pusti. Za uporabnika je to seveda čista štala, ker napol vidi že novo trgovino, napol vidi staro, ne more kupiti dveh artiklov, ker je en tu en tam ipd. 301 preusmeritev v htaccess narediš tukaj, potem pa stare artikle še dodaš v robots.txt noindex, če bi rad, da jih google začne umikati iz SERPa. Glede na to, da bodo te strani še vedno dostopne, bodo še dolgo ostale v Googlu, dokler G ne poveč da jih ni več (404) ali da so se prestavile (301), ker google robots.txt posluša samo tako napol.
A lahko staro spletno stran prestaviš na novo domeno, v poseben direktorij, in potem narediš preusmeritev, tako da so sicer vse strani iz stare domene preusmerjene na novo, pa čeprav nekatere na stare URLje na novi domeni? To je sicer crappy rešitev, ampak imaš tako zakompliciran problem, da drugače ne gre.
Enostavno pospeši prehod, ali počakaj da boš sposoben prestaviti celo trgovino, pa takrat naredi vse naenkrat. Ker vse ostalo je kr neki.