Inline css je načeloma "bad pratice" pa ne zaradi drugega kot da je zadevo težko urejat, hitro kaj sfališ. Tako da za CSS je "obvezno" da imaš ločen stylesheet. So seveda izjeme.
Kar se js-ja tiče je pa odvisno kaj počneš in kaj je bolj smiselno. Jaz načeloma ne uporabljam inline js, ker imam rad vse na ene mestu. Moreš vedeti da ko pride browser do JS-ja neha loadat ostale zadeve dokler JS ni naložen, se pravi page počaka da se JS izvede preden gre nalagat ostale elemente.
Zaradi hitrosti je kul da imaš vse datoteke (css in js) minimirane. Če imaš kakšen JS plugine, jih daj vse v eno datoteko, da nimaš za vsak js svoj request. Google tudi predlaga da daš vse te zadeve na konec strani, se pravi pred zaključnim body tagom, ker se tako content najprej naloži potem pa vse ostalo.
Nisem še slišal da bi kdo v en file dal css in js.