Tako kot je že Jure Damjan napisal, redka je CRM programska oprema, ki zadovoljuje vse uporabnike.
Težava se pojavi predvsem v specifiki poslovanja. Vsako podjetje namreč rabi nekaj "svojega", tako vsak od že narejenih produktov vsebuje stvari, ki jih uporabnik nikoli ne bo potreboval, prav tako pa module, za katere bi želel, da so prilagojeni za njegovo delo.
Tako v večini primerov ostane le "custome made" aplikacija, ki pa seveda ima svojo ceno.
Načrtovanje in izdelava se tako lahko zavleče v mesece in temu primerna je tudi cena.
Cilj takšne aplikacije je ponavadi prihranek resursov in časa, kalkulacijo ali se splača pa mora seveda narediti naročnik.
CRM je ponavadi del ali nadgradnja ERP, spet odvisno od specifike.